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使用限制性内切酶关联的二代测序构建高密度的遗传图谱


研究背景


        遗传图谱的构建和QTL的检测对于提高植物的品质和繁殖能力是非常重要的。构建高密度和高质量的遗传图谱对于生产高品质的满足人类的葡萄是很有帮助的。二代测序由于高通量和低廉价格已经广泛的用于基因组的研究。限制性位点相关的DNA测序(RAD)将是一个有效的测序用于定位基因型。结合二代测序与RAD已经被证明对SNP标记的发展是很有效的。


研究方法





研究结果



1 限制性内切酶消化位点的分布。





2 F1代、亲代有效的reads数目和覆盖度。





3 组1-5(Z190×Beihong)连锁分析。





4 基因型与表型共线性分析。






研究结论


       本研究展示了RAD而二代测序用于F1代的基因型的开发,并且使用我们设计的SNP标记成功的开发了高密度和高质量的遗传图谱。细节分析显示这种新的开发遗传图谱的方法可能会用于各种各样的基因组的研究,比如QTL检测,序列组装和基因组比较。




参考文献



Construction of a high-density genetic map for grape using next generation restriction-site associated DNA sequencing. [BMC Plant Biology, 2012]



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