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SMRT DNA测序鉴定空肠弯曲杆菌基因组限制性修饰图


研究背景


    空肠弯曲杆菌是一种主要的人类肠胃炎致病菌。本研究分析了一株来自严重肠炎病人的F38011菌株,在基因组和蛋白质组的角度认识细菌的致病过程。


研究方法





研究结果



1 C. jejuni F38011菌株基因组图。1.69M染色体基因组,以DnaA起始,1613编码区域。





2 C. jejuni F38011菌株与NCTC11168基因组比较。A:ACT比较分析;B:两种菌株(PR1-PR7)比较分析。




3 C. jejuni F38011菌株甲基化分析发现5个主要的甲基化修饰。




4 C. jejuni F38011菌株蛋白质组分析。A:LC-MS/MS分析蛋白质种类;B:基因组UniProt预测485个酶。






研究结论


       空肠弯曲杆菌F38011菌株长度为1,691,939bp,GC含量为30.5%。使用三代测序和限制性内切酶数据库分析F38011菌株基因组位点以及可能与DNA限制性修饰有关的酶。共发现5个甲基化修饰与基因组修饰有关。蛋白组学分析得到的多肽序列与推测的多肽序列相一致。本研究为分析空肠弯曲杆菌限制性修饰酶的精准功能奠定了基础。总之,本研究的的结果有利于我们理解空肠弯曲杆菌基因组、甲基化谱和编码能力。



参考文献



    Analysis of the Campylobacter jejuni Genome by SMRT DNA Sequencing Identifies Restriction-Modification Motifs. [Plos One, 2015]



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